这部《星球大战：克隆战争》是一部3D动画版电影，讲述的是克隆人战争横扫了整个银河系，杰迪武士努力为维持银河共和国的秩序与和平。共和国里的独立派不放弃他们的阴谋，黑暗势力总在蠢蠢欲动。

天行者阿纳金和他的学生接受了一项人物，但大坏蛋杜库伯爵和他邪恶的机构，包括凶狠的女反派阿萨哈·温其斯都会阻拦他们。

与此同时，欧比旺和尤达大师领导克隆人军队勇敢地抵抗黑暗势力的进攻……